La troisième génération possède presque autant de pokémons légendaires que les deux premières réunies, mais ils sont assez intéressants pour être utilisés en combat. Nous retrouvons ainsi deux « clans » de Pokémons élémentaires, les Golems d'un côté, composés de Regirock, Registeel et Regice, des pokémons très résistants mais très, très lents, et les pokémons de « matière », véritables stars de cette génération, Kyogre (Dieu des Océans), Groudon (Dieu de la Terre) et Rayquaza (Dieu des airs).
Comme précisé auparavant, il faut attendre la version Émeraude pour pouvoir les attraper tous trois, dans les autres versions ce sont des créatures « emblèmes », spécifiques à un jeu en particulier et ce à l'exception de Rayquaza. Nous avons ensuite les « jumeaux maîtres », en réalité très proche de Mewtwo dont ils seraient une version « gentille », Latias et Latios. Ce sont deux oiseaux qui se rencontrent au hasard des routes. Ils sont très rapides et, à nouveau, chacun est spécifique à une version en particulier.
Le pokémon « génération de Mew » est ici Jirachi et, comme de coutume, l'on ne peut l'obtenir que par un événement organisé par Nintendo, événement auquel je n'ai pas participé.
Pour mémoire, il faut citer un dernier pokémon, cette fois-ci plus proche de Mewtwo, y compris de son histoire (une modification génétique d'un organisme extraterrestre) mais accessible par un événement à nouveau, Deoxys.