La suite du 1er épisode, l'histoire se déroule 50 ans après, et le héros doit réembarquer une nouvelle fois à bord de son mecha. Premier constat, graphiquement c'est vraiment très bon, le jeu a gagné en finesse, l'animation a également fait l'objet d'une rehausse. Les musiques sont toujours aussi agréables et renforcent le rythme du jeu.
Le gameplay s'est aussi enrichit de plusieurs éléments : un dash et une garde pour le robot, ainsi que de combos. Ensuite vous disposez aussi d'un menu "weapons" que vous activez en appuyant sur "bas" et les 2 touches d'action simultanément. La plupart de ces armes ne sont utilisables qu'une fois, à gérer donc avec intelligence.
Une jauge fait également son apparition en haut de l'écran et permet de faire appel à "betty" l'orbe que vous avez obtenu dans le 1er episode. Son utilisation consomme la jauge en question.

Ps : Une version de Genocide 2 est sortie sur Super Nes
Ps² : une compile nommée Genocide Square et reprenant les 2 episodes est sortie sur Fm Town.